Сначала остановите mysqld:
service mysqld stop

Затем запустите его со специальными опциями:
mysqld_safe --skip-grant-tables &

После этого Вы сможете зайти в MySQL под пользователем root:
mysql

Введите в консоли MySQL следующие команды:
use mysql;
UPDATE user SET password=PASSWORD('new_password') WHERE user='root';    где new_password - новый пароль
FLUSH PRIVILEGES;
quit

Теперь можно перезапустить mysqld:
kill -9 mysqld
kill -9 mysqld_safe
service mysqld start